Menyusul terbentuknya provinsi Sulawesi Barat yang merupakan pemekaran dari Provinsi Sulawesi selatan pada tahun 2004 sekaligus sebagai provinsi ke-33 Di tanah air, maka para tokoh yang berasalah dari Sulawesi Barat yang berkiprah di Sulawesi Selatan khususnya terkhusus lagi yang ada di IAIN pada saat itu, muncul keinginan para tokoh tersebut untuk mendirikan lembaga pendidikan keagamaan di Sulawesi Barat. Inisiasi tersebut dipelopri oleh  tokoh Mandar yang ada di Makassar antara lain Prof. Dr. H. Ahmad M. Sewang, MA, Prof. Dr. H. Abd Rahman Halim, M.Ag, Prof. Dr. KH. M. Danial Djalaluddin, LC, M.Ag, Dr. H. Arifuddin Ismail, Dr. H. Mukhlis Latif, M.Si, dan Dr.H.M.Nafis Djuwaeni, MA,.

Tahun 2009 atas inisiasi Ka Kanwil Kemenag Drs. H. Sahabuddin Kasim bersama Kabag TU Drs. H. Mukhlis Latif, M.Si setelah berkoordinasi dengan Prof Dr. H.Ahmad M. Sewang, MA untuk menghadirkan Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Prof. Dr. Muhammad Ali dan kepala Biro ORTALA Kemenag RI Drs. Sahman Sitompul bersama jajarannya untuk melakukan pertemuan dengan Gubernur Sulbar di Mamuju. Pada pertemuan tersebut disepakati alih status STAIS Al Mardiyah menjadi STAIN Majene, persetujuan tersebut ditindak lanjuti dengan terbentuknya tim penggagas melalui SK Gubernur Sulbar yang terbit tahun 2009. Kemenag pusat tersebut ditindak lanjuti dengan perubahan SK tim penggagas menjadi tim pendiri. Berdasar pada usulan tersebut, maka dibuatlah SK tim pendiri:

Koordinator               : Prof. Dr. H. Ahmad M Sewang, MA

Penanggung Jawab   : H. Kalma Katta (Bupati Majene periode …….)

Ketua Tim                  : H. Mukhlis Latif

Wakil Ketua Tim      : H.M. Napis Djuwaeni

Sekretaris                   : Anwar Sadat

Wakil Sekretaris        : Muh. Said

Anggota                      : Abd Gafur

  Muliadi

  Suddin Bani

  1. Sofyan Mubarak

Atas inisiatif Bapak Mukhlis Latif menemui Bapak Kalma Katta agar meminta kepada Gubernur Sulbar H. Anwar Adnan Shaleh untuk memfasilitasi pertemuan silaturrahim dengan wakil Presiden RI H. M. Jusuf Kalla. Tim pendiri diterima oleh Wapres di Istina Wapres tahun 2015, ketika itu Wapres langsung menelpon Menpan Yudi Krisnandi agar pendirian STAIN Majene segera direalisasikan. Proses selanjutnya adalah Menpan melakukan kunjungan kerja ke Mamuju khusus untuk membicarakan tentang rencana pendirian STAIN Majene.

Dengan melalui perjalanan panjang yang cukup melelahkan dan setelah terjadi tiga kali pergantian kepemimpinan nasional dan kabinet pemerintahan, maka terwujudlah cita-cita tersebut dengan SK Menteri Agama tanggal 31 Oktober 2016 M bertepatan dengan 28 Zul Qa’dah 1437 H.dengan dasar Peraturan Menteri Agama RI Nomor 38 Tahun 2016 tentang Pendirian STAIN Majene yang peresmian dilakukan oleh Menteri Agama Lukman Hakim Syaifuddin di Majene tepatnya tanggal 12 Nopember 2016. STAIN Majene berdiri secara resmi dan diresmikan oleh Menteri Agama dan langsung melantik Dr. H. M. Nafis Dj, MA sebagai Ketua.

Meskipun nama STAIN Majene diambil dari nama sebuah tempat dari salah satu ibukota kabupaten di Sulbar, tetapi levelnya adalah provinsi. Pendirian STAIN Majene disemangati oleh keinginan mengangkat derajat tingkat pendidikan di daerah tersebut yang merupakan provinsi termuda saat ini, karena sebelumnya sangat tertinggal jauh provinsi lain.   Secara georafis Majene adalah wilayah yang disepakti para pejuang pendirian provinsi Sulbar sebagai pusat pendidikan, sehingga semua perguruan tinggi negeri berada di Kabupaten Majene. Berkat kegigihan dan kerja keras ketua dan wakil ketua terlantik, maka STAIN Majene hanya dalam tempo kurang lebih setahun telah memiliki tenaga pendidik yang rata-rata berkualifikasi Doktor dan diperkuat tenaga kependidikan, sebagian besar adalah mutasi dari instansi lain dan jatah penerimaan Aparatur Sipil Negara.

Pada awal pendiriannya STAIN Majene membuka tiga jurusan, yang dapat dirinci sebagai berikut:

     1. Jurusan Tarbiyah dan Keguruan

               - Program Studi Pendidikan Agama Islam

               - Program Studi Tadris Bahasa Inggris

     2. Jurusan Syariah dan Ekonomi Bisnis Islam

               - Program Studi Hukum Keluarga Islam

               - Program Studi Hukum Ekonomi Syariah

     3. Jurusan Ushuluddin, Adab dan Dakwah

               - Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir

               - Bahasa dan Sastra Arab

               - Komunikasi dan Penyiaran Islam

Sebagai lembaga pendidikan tinggi, seperti juga perguruan tinggi lain STAIN Majene memiliki tiga fungsi yang utama yaitu Tri Dharma Perguruan Tinggi yang meliputi  pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Pendidikan dan pengajaran dilaksanakn di kampus sebagai proses pengembangan keilmuan melalui tatap muka antara tenaga pendidik dengan mahasiswa yang dilaksanakan pada tempat dan kurun waktu yang telah diatur sesuai kalender akademik. Sedangkan penelitian merupakan proses pengembangan teori yang dilakukan baik dosen maupun mahasiswa baik perseorangan maupun kolaboratif (bersama-sama).  Adapun pengabdian kepada masyarakat merupakan bentuk kepedulian dan pengabdian perguruan tinggi kepada masyarakat sebagai stakeholders sekaligus untuk meingimplementasikan teori kepada masyarakat agar masyarakat merasa bagian sekaligus ada rasa memiliki terhadap perguruan tinggi sehingga perguruan tinggi bukannlah menara gading yang berdiri sendiri yang seakan terpisah dengan dunia luar.